HPLC的保留值等色譜分析有關術語以及分配系數、分配比、塔板高度、分離度、選擇性等方面均與氣相色譜相一致;高效液相色譜所用基本理論：塔板理論與速率理論也與氣相色譜一致。因液相色譜以液體代替氣相色譜中的氣體作流動相，則速率方程H=A+B/u + Cu式中：縱向擴散項(分子擴散項)B/u對板高的影響與氣相色譜不同，由于液相色譜中組分分子在流動相中的擴散系數僅為氣相色譜中的萬分之一，因此縱向擴散項對板高的影響可以忽略不計于是影響液相色譜的主要因素是傳質項Cu。氣相色譜(GC)的流動相流速u增大時，板高H顯著增大(即柱效顯著降低)，而液相色譜(LC)的流速增大時。板高增大不顯著(即柱效降低不顯著)。這說明高效液相色譜也有很高的分離效能HPLC可分離分析高極性，高分子量和離子型的各種物質。柱效很高每米可達3萬塊以上，一般用20 -- 25cm長的柱子，由于固定相的不斷改進，短的只有3cm ，理論板數可達3000—4000，能滿足一般分析的需要，而且具有很高的分析速度柱子短，對壓力要求就低過去高壓，現在追求高精度，高穩(wěn)定性，一般在室溫下操作，樣品不需預處理操作方便，容易掌握。
液相色譜非常適合分子量較大，難氣化;不易揮發(fā)或對熱敏感的物質，離子型化合物及高聚物的分離分析，大約占有機物的70～80%氣相色譜的流動相載氣是色譜惰性的性氣體，不參與分配平衡過程,與樣品分子無親和作用，樣品分子只與固定相相互作用。而在液相色譜中流動相是各種低沸點有機溶劑及水溶液。也參與樣品分子相互作用，因此液相色譜流動相的作用比氣相色譜大，氣相色譜的載氣僅數種，其性質差別也不大，對分離效果影響也不大。而液相色譜的流動相種類多，性質差別也大，對分離效果影響顯著。因對于LC來說，流動相的選擇很重要，為提高選擇性增加了一個因素。液相色譜也可選用不同比例的兩種或兩種以上的液體作流動相,增大分離的選擇性。
液相色譜能完成難度較高的分離工作.就其分離機理的不同，高效液液相色譜能完成難度較高的分離工作.就其分離機理的不同，高效液液相色譜能完成難度較高的分離工作.就其分離機理的不同，高效液液相色譜能完成難度較高的分離工作.就其分離機理的不同，高效液液相色譜能完成難度較高的分離工作.就其分離機理的不同，高效液相色譜可分為液-固吸附色譜;液-液分配色譜;離子交換色譜和凝膠滲透色譜等多種類型。液—固色譜的色譜柱內填充固體吸附劑，由于不同組分具有不同的吸附能力。因此，流動相帶著被測組分經過色譜柱時，各組分被分開液—液色譜的流動相和固定相都是液體。作為固定相的液體涂在惰性擔體上，流動相與固定液不互溶，當帶有被測組分的流動相進入色譜柱時，組分在兩相間很快達分配平衡，由于各組分在兩相間分配系數不同而彼此分離。以非極性溶液作流動相,極性物質作固定相的液—液色譜叫正相色譜;極性溶液作流動相，非極性物質作固定相的液—液色譜叫反相色譜。離子交換色譜的色譜柱內填充離子交換樹脂，依靠樣品離子交換能力的差別實現分離。而凝膠色譜是按試樣中分子大小的不同來進行分離的。在上述四類色譜中，應用較廣泛的是液—液色譜。液相色譜作為分析時選擇余地大，而氣相色譜達不到。
